Augusto (63 a.C.-14 d.C.) primer emperador romano, confió la gestión de Egipto a un gobernador del ardo ecuestre, que recibió el título de praefactus aegypti, al que se le dispensaban honores casi reales. El primero fue Cayo Cornelio Galo, que conquistó el Alto Egipto con la fuerza de las armas. El iuridicus, responsable de las cuestiones judiciales, y el idiologus, encargado de las financieras, acompañaban al prefecto en su labor. Egipto se mantuvo como provincia del Imperio romano desde el año 30 a.C., tras la derrota de Cleopatra y Marco Antonio, hasta el 638 con la conquista musulmana.
Egipto desempeñó un papel fundamental en el suministro del cereal que Roma necesitaba para alimentar a su cada vez más creciente población. Los cereales, base de la dieta en la Antigüedad, eran la principal riqueza de Egipto, ya que, además de disfrutar de abundantes reservas, poseía una amplia capacidad productiva. Una enorme cantidad de grano era enviado río abajo (dirección norte) tanto para alimentar a la población de Alejandría como para ser exportado a Roma. Además, Egipto era uno de los mayores suministradores del Imperio romano en mercancías y objetos elaborados, como papiro, mármol y telas.
Por lo demás, la administración se mantuvo prácticamente inalterada. Las ciudades griegas disfrutaron de una mayor autonomía y a los “estrategos” nombrados por el prefecto se les encomendó el gobierno de los respectivos nomos. El país fue dividido en tres grandes distritos: Delta, Heptanómida (Egipto Medio) y Tebaida (sur).
Durante la dominación romana, la lengua oficial en Egipto siguió siendo el griego, que había sido introducido en el país tras la conquista de Alejandro Magno. De hecho, la comunidad griega disfrutaba de ventajas específicas, pues durante mucho tiempo mantuvo una posición privilegiada frente a la comunidad egipcia. Por ejemplo, desde el punto de vista jurídico y social, la posesión de la ciudadanía de Alejandría, principal centro griego en el país, facilitaba la obtención de la ciudadanía romana. Las ciudades autónomas griegas se beneficiaban también de un mejor trato fiscal.
Con la finalidad de controlar la población y limitar el poder de los sacerdotes, los emperadores romanos protegieron la religión tradicional, y terminaron o embellecieron los templos iniciados bajo los ptolomeos. Pero en Alejandría fueron creciendo las primeras comunidades judías y pronto surgieron los primeros conflictos religiosos, que se prolongarían durante todo el largo período en que Egipto fue provincia romana.
La caída del Imperio de Occidente en el siglo V aisló a los romanos egipcios de la cultura de Roma, y aceleró el crecimiento del cristianismo, cuyas primeras comunidades se habían hecho fuertes en Alejandría. Estos cambios comportaron el abandono de los templos faraónicos.