La voluntad de hallar una nueva divinidad del estado, la necesidad de reducir el excesivo poder del clero de Amón y las veleidades místicas del faraón empujaron a Amenhotep IV (c. 1372 a.C.- c. 1372 a.C.) décimo soberano de la XVIII Dinastía, a abolir la religión politeísta tradicional para imponer el culto a un dios único, Atón. El primer faraón monoteísta de la historia egipcia cambió entonces su nombre por el de Akhenatón, “el hijo de Atón”, y dio la orden de eliminar el culto y las imágenes de todos los demás dioses a lo largo y ancho del reino, con lo que se produjo una ruptura completa con el politeísmo antiguo.
El nuevo culto monoteísta acentuaba la centralidad del culto al faraón, mientras que reducía el poder de la casta sacerdotal de Amón, sobre la que desencadenó una auténtica persecución: los sacerdotes fueron separados del poder, el culto a Amón prohibido y su nombre eliminado de las inscripciones en las que formaba parte de la composición de los nombres reales.
El mismo centro religioso del país se desplazó unos 200 kilómetros al norte de Tebas, a una nueva ciudad fundada por el mismo faraón en las proximidades de Tell el-Amarna, desde donde la potencia del dios irradiaba sobre todo Egipto y sobre todos los pueblos. Atón se convirtió en la fuente de la vida y en el creador de todas las cosas; Akhenatón era su único profeta y servidor.
El Himno a Atón se considera una de las obras maestras de la literatura religiosa de todos los tiempos. La autoría de este entusiasta canto de amor a la divinidad, el más apasionado del Antiguo Egipto, es atribuido al mismo Akhenatón. Se han hallado diferentes versiones del mismo en las tumbas de dignatarios de Akhenatón, en Tell el-Amarna.
En abierto contraste con la antigua religión egipcia, fuertemente orientada hacia el más allá, la religión atoniana ignoraba deliberadamente a la muerte. Además, al igual que el propio clero, el culto también fue simplificado, ya que se eliminó cualquier intermediario entre el fiel y la divinidad.
En el proceso desempeñó un rol fundamental la esposa del faraón, Nefertiti, sin lugar a dudas uno de los personajes más fascinantes de toda la historia de Egipto. Nefertiti ejerció un poder equivalente al de su marido gracias a su papel protagonista en la reforma religiosa en curso. El motivo por el cual se le confirió tanta importancia a la reina no era otro que el de subrayar el carácter divino de la familia real. Se sabe que Nefertiti tenía templos exclusivamente dedicados a ella, como el de Benben en Karnak.
La revolución monoteísta de Akhenatón estaba destinada a desaparecer. Con la muerte del faraón y la subida al trono del joven Tutankhamón, la casta sacerdotal retomó el poder religioso y la influencia política, y condenó al faraón herético a la “damnatio memoriae”.